北条氏の一族である金沢（かねさわ）北条氏の祖、北条実時（1224年 - 1276年）が開基した。創建時期については確実なことはわかっていないが、正嘉2年（1258）実時が六浦荘金沢の居館内に建てた持仏堂（阿弥陀堂）がその起源とされる。のち1267年（文永4年）、鎌倉の極楽寺忍性の推薦により下野薬師寺の僧・審海を開山に招いて真言律宗の寺となった。金沢北条氏一族の菩提寺として鎌倉時代を通じて発展し、2代顕時、3代貞顕の代に伽藍や庭園が整備されたが、鎌倉幕府滅亡とともに金沢北条氏も滅び、以後寺運も衰退した。降って江戸時代に入ると大幅な復興が実現し、現存する建物が作られた。称名寺と縁の深い金沢文庫（かねさわぶんこ）は、実時が病で没する直前の建治元年（1275）ころ、居館内に文庫を設けたのが起源とされる。文庫には、実時が収集した政治、歴史、文学、仏教などに関わる書籍が収められていた。金沢北条氏滅亡後は、菩提寺の称名寺に文庫の管理がゆだねられたが、寺運の衰退とともに蔵書も次第に散逸した。中でも徳川家康や前田綱紀の持ち出した数はかなりなものだと言われる。「金澤文庫」の蔵書印が捺された古写本は、現在も日本各地に残っている。また嘉元4年（1306）、称名寺造営料獲得のため元へ交易船（寺社造営料唐船）が派遣され、称名寺の僧快誉が乗船したことが金沢文庫の古文書に記述されている。